丈とゴマモンを仲間に加え、大陸を目指して海を渡る太一たち。突如、デジヴァイスの通信が遮断されてしまう。驚いて大陸への上陸予定地点を見ると、そこには自然豊かな島には存在しなかった人工的な構造物――要塞がそびえていた。要塞にはスナイパーのゴリモン、観測手のソーラモン、砲撃担当のタンクモン部隊が待ち構えていて、太一たちを上陸させまいと砲撃を浴びせてくる。降り注ぐ弾丸に手も足も出ない太一たち。そんな彼らを謎の少年とデジモンが救う。その少年はヤマト、そしてパートナーのガブモンであった！