「源輝二くん…やがてあなたに課せられた謎のすべてが解けるでしょう」（謎の声）
スピリットを手に入れた拓也は伝説の十闘士・アグニモンへと進化したが、自分のしたことに呆然となっていた。彼のデジヴァイスからデジコードが開放され、失われた大地の一部がよみがえる。喜ぶデジモンたちの案内で、街を見物する拓也たち。そのころ輝二も同じように謎の声に導かれ、別のトレイルモンに乗ってこの街へと到着していた。一方、デジタルワールドから一刻も早く帰りたい友樹と純平は別行動をとってしまい…。