３度の飯よりケンカが好きな少年、自称・日本一のケンカ番長こと大門大。いつものようにケンカに明け暮れていたある日、大の前に「ラプター１」と呼ばれる、恐竜のような奇妙な生物が現われた。だが、大はひるむことなく素手でケンカに挑み、見事に勝利をおさめるのだった。そして、ラプター1と呼ばれる生物も大の強さを認め、大のことを「アニキ」と慕うようになるのだった。

しかし、仲直りをしたのもつかの間、「DATS（ダット）」とと言う組織から派遣されたヨシノという少女が現われ、ラプター１を捕らえようとした。しかし、子分となったラプター１を放っておけない大は、ラプター１を背負ってその場から逃げ出してしまう。なんとか逃げ切れた大たちだったが、ラプター１がお腹を空かしたため、大はひとりで食料を買いにでかけるのだった。そこでヨシノに再び出会い、あの奇妙な生物が「アグモン」というデジタルモンスターであり、DATSはそれを取り締まる組織であることを知らされる。

デジモンは専用の餌しか食べないと、ヨシノに聞かされた大は、DATSの本部へ連れて行くように頼むのだった。DATSの司令官である薩摩の説明によると、デジタルワールドと人間界のふたつの世界の壁が崩れはじめており、未曾有の危機に瀕しているとのことだった。その時、ハンバーガーショップが謎のデジモンに襲われる！アグモンが疑われたことを信じられない大はDATSの本部を飛び出した。

ハンバーガーショップを襲ったのはコカトリモンという巨鳥型のデジモンであることがわかった大は、アグモンと共にコカトリモンを倒す決意をする。しかし手ごわい敵の前にアグモンがやられてしまった。怒りの大の拳に「デジソウル」が宿った時、謎の老人が現れ、大に「デジヴァイス」を手渡すのだった。デジヴァイスにデジソウルをチャージすると、アグモンは強大な「ジオグレイモン」に進化し、強力な炎の技・メガフレイムによりコカトリモンを倒す。