デジタルワールドに突入し、総大将『メルクリモン(究極体)』と対決したマサルたち。そこでの旅は、彼ら三人のデジモンを完全体に進化させるという収穫はあったものの、結局はメルクリモンの圧倒的な力を見せ付けられ、逃げ帰るのがやっとという惨状だった。しかも『おっちゃん』が、マサルたちを逃がすために囮になり、そのままデジタルワールドに残されたまま…。そんな状況を、マサルが納得するはずはなかった。

『おっちゃん』が、かつての探検隊の隊長で、しかもDATSの所長『湯島』だったことが判明し、なおさらデジタルワールドへの再突入を強行しようとするマサル。だが彼が計器をメチャクチャに操作したせいで転送装置は故障…。人間界での待機を余儀なくされた。修理完了までは二週間。その間マサルたちは、自分がデジモンだと思っている少年『イクト』や、そのパートナー『ファルコモン』と行動を共にすることになる。

長官が語る、イクト本人も知らない彼の過去…。それは、探検隊メンバーでもある超空間研究の第一人者『野口夫妻』が、イクトの両親であるという事だった。実は当時、謎の失踪事件が頻発しており、夫妻も産まれたばかりの赤ん坊…つまりイクトを失っていたのである。だからこそ、その事件に関係あるだろうデジタルワールドを調査するべく、夫妻は探検隊に加わったのだ。そして今、その両親は日本アルプスにいるという…!!

最初は「人間の両親なんか関係ない」と、日本アルプス行きを頑なまでに拒んでいたイクト。しかし高層ビルやテレビ、ファストフードといった、人間界の文化を初めて目の当たりにして大はしゃぎ!!　すっかり『おのぼりさん』状態になっていた。だがイクトを執拗に狙うゴツモンが現われたことで楽しい気分も一変。自分が人間であること、だから他のデジモンにも忌み嫌われていることを告げられ、自らの居場所をなくしたことを実感させられてしまう…。