実の母を目の前にしても、依然「オレはデジモン、人間の母などいない!!」と反発し、逃げ出してしまったイクト。一度はマサルたちに保護されるものの、デジタルワールドにも人間界にも居場所がないと感じていた彼は、すぐにDATS支部を飛び出してしまう…。同じ頃、デジタルワールドでは、メルクリモンと実力を同じくする究極体『サーベルレオモン』が、人間との全面対決を主張。ゴツモンを味方につけ、人間界への総攻撃に出ようとしていた…。

DATSを飛び出したイクトは、親友のはずのファルコモンに対しても冷たかった。「オレの居場所は、もうデジタルワールドにはない。でもファルコモンは違う、帰れ!!」…そう言って、ファルコモンからも逃げ出してしまったのである。ゴツモン率いるデジモン軍団が東京の空と地上を覆いつくしたのは、まさにその時だった!!　この緊急事態に、イクトを探していたマサルたちも、捜索任務を中断してデジモン軍団に対抗しようとする…。

炎に包まれる市街地…。逃げ惑う人・人・人…。アグモンたちが全力でデジモン軍団に対抗するが、その圧倒的な数に対処が追いつかない!!　いつもはオペレーターを担当する美樹と恵のナイトチェスモン(成熟期)がバックアップを買って出るものの、それでどの程度もつ事か…。そこへ、ゴツモンからある取り引きが持ち込まれた。撤退条件は二つ。ひとつは、人間界にあるすべてのデジタルゲートを破壊すること。そしてもうひとつは…何とイクトの引き渡しだった…!!

非人情な羽柴長官のイクト引き渡し命令が下される中、イクト自身も自らを犠牲にする覚悟でゴツモンに囚われようとした。だがそれをファルコモンが思い留まらせる。あえてゴツモンを攻撃することで、イクトと同じ『裏切り者』の道を歩もうとしたのだ!!　やはり二人は切っても切り離せない仲…。そんな中、驚くべき現象が彼らの目の前で展開する。謎のデジタルゲートが突如発生し、ゴツモンたちデジモン軍団を強制送還したのだ!!　いったい何が起こったのか…!?