「敵は倉田博士!!」…人間とデジモンの間にできた、大きな亀裂。それを作ったのが倉田であり、奴の暴走を止めない限り、絶対に平和が来ないことを確信したマサルたち。だが、事の真相を掴んでデジタルワールドから帰還した彼らを待ち受けていたのは、事実上のDATS解散だった!!　先に人間界に戻り、国家機密省に自分の都合のいい報告をした倉田。その工作により、薩摩隊長は国家反逆罪に問われて逮捕。マサルたちもすべての権限を剥奪され、記憶を消されてしまう…。

気付くと、マサルは公園のベンチで寝ていた。何か心に引っかかるものはあるが、思いあたる事は何もない。それはトーマやヨシノ、彼らの家族も同様だった。そう、彼らはDATSとデジモンに関する記憶を消去され、元の生活に戻されていたのである。一方、隔離室に閉じ込められていたアグモン・ララモン・ガオモン・ファルコモン・クダモン・チェスモンは、行動を起こそうと考えていた。このままじゃいけない、まずは脱出しなければ…。

クダモンたちは、薩摩隊長や美樹の救出へ。ファルコモンは、イクトを隔離室から救出して倉田を追跡。アグモンたちは、それぞれのパートナーと合流するべく散って行った。マサル・トーマ・ヨシノは記憶を消去されているだろうが、自分たちとの絆は本物。ひと目でも会うことができれば、きっと自分たちの事を思い出してくれる。そう信じて…。だが事実は、アグモンたちが考えている以上に深刻だった。

デジモンという存在自体、初めて見たというようなマサルの態度…。しかも知香や小百合ママも、アグモンを凶悪なバケモノでも見るような反応を示した。だがここで諦めるアグモンではない!!　彼はマサルと初めて会った公園に連れ出すと、そこで彼の記憶を呼び覚ますことに成功。倉田が送り込んだギズモンも、駆けつけたトーマ&ガオモン、ヨシノ&ララモンの助けもあって撃破する。そして倉田を止めるため、今一度DATS本部を目指した。だがその時…!!