かつて数多くの候補の中からルキのパートナーに選ばれ、最強のデジモンになることを誓ったレナモン。だがいくらバトルしても進化しないレナモンにルキのイライラはつのる。そんなとき２人を襲った初めての危機。自分を犠牲にしてルキを守ろうとするレナモンの姿がルキの心を大きく揺さぶる。そして２人の心が通じ合った瞬間、レナモンは見事にキュウビモンへの進化をとげたのだった。

　ある日ギルモンが見た不思議な夢。それはギルモンがタカトと離れてどこか別の世界に行ってしまう夢だった。ギルモンから夢の話を聞かされ不安になったタカトはリーやルキに相談するが、２人から返って来たのは思いがけない厳しい意見だった。 　もともとデジモンはこの世界にいてはならない存在。データから生まれたものはデータに戻る。２人のそんな言葉に耳をそむけ、ギルモンとずっといっしょにいられることを願うタカト。だがその願いを裏切るように、恐れてたことがついに現実になってしまう･･････タカトの目の前でギルモンの体がデータに分解し始めたのだ！ 　データになって消えてしまったギルモン。はたしてタカトはこのままもう二度とギルモンに会えなくなってしまうのだろうか！？　ギルモンを取り戻すために、タカトの冒険が始まる……！！ 「ギルモン！　僕が、僕が君を助ける！」