ゾーンのデジモンに推され新しい大統領になることになったルーチェモン。しかし現れた選挙管理委員のシャッコウモンが任命すると、大統領ルーチェモンは隠していた邪悪な正体を現す。ゾーンを割り、闇の空中神殿を呼び出すと封印されていたコードクラウンを手に入れてしまうルーチェモン。彼は、実はバグラ軍のリリスモンの配下だった。愕然とするタイキたちの前に現れるダークナイトモンとネネ。彼らチームトワイライトはコードクラウンが欲しいルーチェモンに協力し、ヘブンゾーンの神殿が秘めたすさまじい闇の力を手に入れに来たのだ。

ネネがジェネラルと知り驚くタイキたちをよそに、ダークナイトモンは闇の力をクロスローダーに吸収してゆく。一方、リリスモンにコードクラウンを届けようとするルーチェモンを戦いで制するX4B。手に入れたコードクラウンで闇の力を抑えにゆくタイキたちだったが、そこへまだ息絶えていなかったルーチェモンが現れ、蔓延する闇の力を吸収。ルーチェモンはネネを巻き込みつつ更なる悪の姿へと変貌を遂げるのだった。