敵デジモンを倒しつつバグラモンのいる大魔殿へと向かうタイキたち。そのころ、大魔殿の一角に閉じ込められたユウは、ダークナイトモンからデジタルワールドの戦いはゲームではなかったことを聞かされる。ユウを機械に閉じ込め、デジクロスのパワーだけを利用しようとするダークナイトモン。彼はダークストーンをバグラモンに献上するのだった。ようやく大魔殿前にやってきたタイキたちの前についに現れたバグラモンは、シャウトモン×7の攻撃を圧倒すると、ダークストーンを使って人間界さえも滅ぼし、全てを自分の領土とするD5の作戦を実行することを宣言するのだった。

人間界にバグラモンの手が現れ、街の人々は全て凍りついたように動けなくなる中、アカリとゼンジロウだけは謎の声の導かれてゆく。デジタルワールドではバグラモンの威力で地下に落とされてしまったタイキたちが地上を目指す途中、ユウが捕らわれていると思われる特別棟を発見。その間キリハはΩシャウトモンとΖグレイモンを指揮しバグラモンと戦っていた。両者が激突する中、なんとダークナイトモンがバグラモンの胸を突き、ダークネスローダーを使って無理やりバグラモンを自分へと吸収し、ダークネスバグラモンとなるのだった。