エレモンの秘密を探ろうとするエコロイズ社副社長の娘アリサ。アリサをリーダーとするチーム・ニンジャは
エレモンの秘密を探ろうとアクロを捕まえるために動き出す。様々な忍術を使ってレオたちにせまるチーム・ニンジャ。果たして任務の行方は……