「ハニワと銅鐸だ、ちっとも崩れていない。こいつはスゴイ発見だ！」（ピート）
ハニワに襲われる悪夢を見たサンシローが、ピートの大切にしているハニワを壊してしまった。怒るピートだが、それから数日後、基地の近くの古墳から大量のハニワを見つけると一転して大喜び。大空魔竜の中に持ち込んで研究に没頭する。しかしそのハニワが動き出し、警備の手薄になった隙をついて大空魔竜を占拠してしまう。ハニワの正体は暗黒ホラー軍団によって送り込まれた尖兵だったのだ。奪われた大空魔竜は東京に向けて攻撃を開始する！