何者かに航空機が撃墜される事件が続発していた。制空権を確保しようと企む恐竜帝国が、メカザウルス・バズに空中戦の模擬訓練を繰り返させていたのだ。その頃、ゲッター１にばかりに活躍されるのが悔しくてならないムサシは、ゲッター３が主役になるために飛行能力を身につけさせようと、延々と実験を繰り返していた。