暗黒大将軍の襲撃で被害を被った研究所はいまだ修復の途中。飛田博士を失った痛手も癒えていない。これを絶好のチャンスと、暗黒大将軍は超人将軍ユリシーザーと戦闘獣ハーキュリーズを差し向ける。激しい海中戦を展開するグレートマジンガー。総攻撃を仕掛ける万能要塞ミケロス。鉄也たちは飛田博士の無念を晴らしたい！