諜報軍団のアルゴス長官の部下・ゴーゴン大公は、グレートマジンガーの基地が海中にあることに気が付く。報告を受けた大昆虫将軍スカラベスは、戦闘獣ムガリッサを放ち、研究所攻撃作戦を開始した。その頃、ジュンの気を引こうと、おしゃべりカラスのバカラスを捕らえていたボスは、ムガリッサの卵を発見する。