研究所は戦いのための基地にはしたくない…宇門博士の苦悩をよそに、ベガ星連合軍は容赦なく攻撃してくる。グレンダイザーが足止めを食っている隙に、集中砲火にさらされる研究所。ここに来て博士は、最後まで戦い抜く決意を固めた。彼がスイッチを入れるや、軍事要塞と呼ぶにふさわしい新・研究所が瓦礫の下から現れる。