ベガ大王は、放射能に汚染されて生物の住めなくなったベガＸ３号星を地球にぶつけ、人類を滅亡させようと思いついた。これを阻むためには、ベガＸ３号星に核爆発誘導ミサイルを撃ち込む以外にない。グレンダイザーはベガ星連合軍と決死の攻防戦を繰り広げながら、何とか任務を成功させようとするが…。