ベガ星連合軍のダギル隊長は、グレンダイザーに倒された親衛隊員たちの息子を集め、少年コマンド隊を結成した。彼は地球人が洗脳されていると少年たちに嘘を吹き込み、グレンダイザーとの戦いは地球人のための解放戦争であると偽りの大義を信じ込ませる。純粋な少年たちは、疑うこともなく勇んで戦場へ出向いてゆくが…。