謎の大爆発によって孤島が消滅した。ベガ星連合軍の仕業と推測した研究所は、甲児とマリンスペイザーを調査に向かわせる。ミニフォーの攻撃を受けた彼らを助けるため、大介もグレンダイザーで出撃。彼は自分たちが誘い出されたことに気付くが、時既に遅く、東京では恐るべき計画が実行されようとしていた。