学園祭も終わり、ホッとしたつぼみたちは植物園でお茶をしていました。みんなはノンビリと楽しい時間を過ごします。でも、突然何かが空から降って来ました。あわてて外へ出たつぼみたちの前に、デザトリアンとは違った怪物が現れます。怪物は目から怪光線を出して、花を枯らし、緑の大地を砂漠に変えました。それを見たつぼみたちはプリキュアに変身、怪物を止めようと挑んでいきます。しかし怪物には普通の攻撃が通用しません。そこでプリキュアは、一斉にフォルテウェイブを怪物に叩き込みます。その威力の前に怪物は消えてしまいました。そして、アンテナのような妙な形をしたものが後に残されます…
アンテナから砂漠の使徒の支配者、砂漠の王デューンの声が聞こえてきました。デューンは宇宙を進む惑星城にいるのですが、地球に向けて砂漠の種を発射したというのです。砂漠の種・デザートデビルは緑を枯らし地球を砂漠化する恐ろしい怪物。このデューンの挑戦を受けて立つ決意をするプリキュアですが、デザートデビルに勝てるかどうかわかりません。こうなれば残された時間でパワーアップするしかないと思ったプリキュアは、プリキュアパレスで最後の試練を受ける覚悟をします。でも、最後の試練は、ハートキャッチミラージュを手に入れたときよりも、さらに厳しいものだとおばあちゃんは言いました。