鬼太郎を倒したミイラ男バルモンドは、鬼太郎の命が惜しければ島の秘宝「地獄の鍵」の在りかを教えろとミウにせまる。苦悩するミウを見た鬼太郎は、十二年前の戦いでもう悲しい思いはさせないと誓ったことを思い出し、最後の気力を振り絞って、目玉おやじの特訓で会得した幽霊族の秘術、指鉄砲を放ってバルモンドを倒した。怒りに駆られた鬼太郎は、そのまま西洋妖怪たちに向けて指鉄砲を乱射し、霊力を使い果たして海へ落ちてしまう。なんとか包帯の戒めから抜け出したミウは、鬼太郎を助けようと、その後を追って海へ飛び込むのだった。

日本妖怪の反撃が始まり、子泣きじじいにフランケンを倒された西洋妖怪たちは一旦退却する。ミウは鬼太郎を介抱するが、その心臓は止まっていた。が、ミウの必死の願いに応えるかのように、不思議な光がミウから発せられ鬼太郎に乗り移る。鬼太郎は息を吹き返した。他の日本妖怪たちにこのことを知らせようと走るミウの前にバルモンドが立ちふさがる。一方、お宝を探して洞窟に入っていたねずみ男は、吸血鬼ドラキュラ三世、魔女ザンビア、狼男ワイルドに遭遇する。そこに鬼太郎の敵を討つべく、目玉おやじがあらわれ、攻撃をかけた。

だが、そこに包帯が伸びてきて一同を捕えた。バルモンドは完全に力を取り戻すために、他の西洋妖怪の霊力を吸い取り始める。逃げ出したねずみ男はそのことを日本妖怪に知らせに行く。バックベアードを裏切るのかと問われ、地獄の鍵があれば恐れるものはないと答えるバルモンド。そこに五官王があらわれた。ミウは五官王が地獄の鍵を守るために自分を消しに来たことを悟る。自ら五官王の剣の前に身を投げ出すミウ。しかし剣が貫いたのはバルモンドだった。日本妖怪が駆け付け、鬼太郎も姿をあらわす。バルモンドは巨大化して襲いかかる！

まだ回復していない鬼太郎は苦戦する。そこに蒼坊主が駆け付け、バルモンドに一撃を与えた。地獄の鍵が鬼太郎に移ったことを知った五官王は、鬼太郎に地獄の鍵を開いて地獄の業火を呼び出すよう命じる。鬼太郎は地獄の究極奥義「獄炎乱舞」でバルモンドを焼き尽くした。ドラキュラ三世、ザンビア、ワイルドはバックベアードに助け出され、本物の妖怪大戦争の時は奮起するように言われる。地獄の鍵は鬼太郎が預かることになり、これで鬼界ヶ島も襲われることはなくなった。妖怪横丁へ帰る一行を、島の人たちはいつまでも見送るのだった。