渋谷のスクランブル交差点に森が出現。街行く人々が突然木に変身してしまう不可思議な現象が発生していた。そんな中、中学生のまなが半信半疑で妖怪ポストに手紙を出すと、カランコロンとゲゲゲの鬼太郎がやってきた！まなの話を聞いた鬼太郎と目玉おやじは、何百年も昔に封印されたはずの妖怪の仕業だと確信。原因を探るため都市の地下施設へと向かうがそこで鬼太郎とまなを待ち受けていたのは…！？