まなは叔父、叔母が住む境港を訪れていた。祭が開催されないと知り残念がるまなを元気づけるために、叔父の庄司はまなに活きのいい魚を獲ろうと漁へ出るが、そのまま戻ってはこなかった。町の漁師たちと船で捜索に出たまなは、沖で船幽霊たちに襲われる。なんとその船幽霊たちは行方不明となっていた庄司たちだった。船は沈みまなだけが浜辺に打ち上げられ生き延びた。助けに来た鬼太郎は船で霧のたち込める海へと向かう。そこで船幽霊たちとともに封印されていたはずの妖怪・海座頭と遭遇する！