人間の顔を盗む妖怪・のっぺらぼうが、田舎の人間の顔に飽きたと、都会の人間を餌食にするために墓場から出向いてきた。のっぺらぼうの作った人魂入りの食べ物を口にすると、顔が人魂状になって抜け落ちてしまうのだ。まんまと鬼太郎の顔を奪ったのっぺらぼうは、ねずみ男を味方につけると、彼の悪知恵を利用して人々の顔を次々に採集してゆく！