ニューギニアで３億年前の大海獣が発見された。日本から派遣された探検隊の中には鬼太郎の姿もあった。隊長の上島博士は大海獣の血液採取に成功するが、暴れ出した大海獣によって探検隊は壊滅。鬼太郎と若き科学者・山田秀一だけが生き残った。名誉と大金に目がくらんだ秀一は大海獣の血を奪い、それを鬼太郎に注射。鬼太郎の体がみるみる大海獣へと変貌してゆく！