小笠原の母島で数千年生きてきた吸血妖怪樹は、さすがに生命力の衰えを感じていた。回復のためには新しい血液が大量に必要だ。そこで世界の吸血妖怪を集めた吸血軍団を結成し、恐山にある妖怪血液銀行を襲撃することにした。一時は鬼太郎が倒されて血液も奪われるが、その復活と共に体勢を立て直した日本妖怪軍団は、最終決戦を挑むために母島に乗り込んでゆく！