漫画家の水木しげる先生は、出かけた喫茶店で自分の描いたキャラクターである鬼太郎、ねずみ男と出会った。彼らを自宅に招待する水木先生。その直後、東京の調布市一帯が怪気象に包まれた。ぐわごぜを首相とする妖怪王国の仕業だ。膨張する怪気象の中で、人間を排除した妖怪だけの社会が確立されてゆく。もうダメかと思われたが、鬼太郎は反撃を開始するチャンスを窺っていた…。