ねずみ男は消息不明となっている鬼太郎と目玉おやじを捜していた。やがて漁村で晴耕雨読の生活を送っている鬼太郎を発見。時を同じくして、その漁村で船が泥まみれになって転覆するという事件が起こる。目玉おやじはそれを泥田坊の仕業と見抜く。泥田坊はもともと田に棲むおとなしい妖怪だったが、人間の土地開発によって住みかを奪われ、ついに怒りを爆発させたのだ。それを知った鬼太郎は…。