「私達は海座頭様に魂を奪われて舟幽霊にさせられたのです」（舟幽霊）
船が次々に沈むという怪事件の解決を頼まれ、瀬戸内海へと来た鬼太郎。ちょうど沈んだ財宝を捜しているねずみ男がいたため、強引に協力させることにした。すると突然巨大鮫と船幽霊が襲ってきて、あわれねずみ男は船幽霊に沈められてしまう。鬼太郎は一時撤退し、準備を整えてから再度戦いを挑んだ。仲間の助けもあって、巨大鮫を退治し船幽霊も全員取り押さえる鬼太郎だが、船幽霊は妖怪：海座頭によって魂を抜かれた人間だった！