「私達は妖怪も人間も超えた、限りなく神に近い存在だわ！」（ハチャ）
月に打ち上げられた無人探査機に平穏な時間を奪われたと怒る妖怪：赤頭は、たまたま探査機に潜り込んでいた妖怪：かぶそに知恵の実を与え地球に送り返した。彼らを目撃した話を聞いて急いで駆けつけた鬼太郎は、かぶその進歩に驚くものの夜も近いことから詳しい調査は明日に持ち越してしまう。だが一夜明けた翌日、鬼太郎が目にしたのは巨大な要塞のような建物を作り、ねずみ男とユメコを人質にして帝国を築いたかぶそたちだった！