ネズミ男が一反もめんを連れて、南の島の宝探しに出かけてしまった。心配したネコ娘は鬼太郎に相談する。島の海域には化け鯨が出現するという噂があったのだ。後を追う鬼太郎とねこ娘。その頃、宝探しツアーの船に潜り込んだネズミ男は難破船にたどり着いていた。そこは化け鯨の守る鯨の墓場だった。姿を現して荒れ狂う化け鯨は、どうやら人間が勝手気ままに廃棄物を投棄することに怒っているらしい…。