多発するダイバーの遭難事件の真相を探るため、鬼太郎たちは絶海の孤島へ向かった。しかし、突如発生した大津波に呑まれ、惨たんたるありさまで島に打ち上げられてしまう。気を取り直して冒険を始めるものの、まるで島自体が意思を持っているかのように、鬼太郎を洞窟に吸い込んでしまう。一方、洞窟の中でダイバーたちと再会したネズミ男は、宝が隠されていると直感して更に奥へと向かうが…。