積乱雲を使った化学実験の最中、ヘリコプターが墜落。乗っていた科学者たちが行方不明になった。日本各地では落雷による事故が続発し、被害者たちは全て科学者たちと同じように消えている。調査に乗り出した鬼太郎は、事件の背後に電気妖怪・かみなりがいることを突き止める。かみなりの操る巨大積乱雲を追う鬼太郎は、空中に浮かぶ巨大な岩を発見し、そこに行方不明になった人々が囚われていることを知る。