目玉おやじを天狗ポリスに人質として預けたまま、鬼太郎は自らの無実を晴らすために真犯人捜しを開始した。ネコ娘や砂かけ婆の助けを得た鬼太郎は、一連の犯罪が百々爺の依頼を受けたネズミ男の仕業だと突き止める。そのネズミ男は百々爺に報酬を求めるが、逆に殺されそうになってしまう。実は事件の背後には、さらに強力な妖怪の存在があった。愛する息子の代わりに処刑台に立った目玉おやじ。刻一刻と死刑執行の時が迫る！