鬼太郎がネコ娘たちとバスツアーを楽しんでいた頃、日本に巨大な黒雲が近付いていた。黒雲に覆われた場所では、信号機が狂ったり車が勝手に動き出したりと、怪現象が続けざまに発生。今や平穏なのは、妖怪漫画家・水木先生の家だけになっていた。スランプに苦しむ水木先生は、原稿を取りにやって来たネズミ男を見て本物の妖怪が現れたと大喜び。しかし怪気象に潜んで悪事を企む妖怪・ぐあごぜまで、水木先生の家に乗り込んでくる。