海難事故が多発し、海辺の村では殉難者の魂を鎮める儀式を執り行うことになった。鬼太郎は事故は船幽霊の仕業ではないかと疑い、夜行さんの造った妖怪潜水艦に乗って遭難現場へ向かう。その頃、慰霊の最中の船が船幽霊に襲われていた。しかも、近くには海図にない島が現れていた。船幽霊が撃退されると、海の中から妖怪・海和尚が出現。鬼太郎を瞬く間に海中に引きずり込んでしまう。