地獄の閻魔大王のもとに死者の魂が来なくなった。解決を依頼された目玉おやじは、魂の通り道に異変があるに違いないと踏んで、鬼太郎とネコ娘を連れて調査を始める。通りがかった魂の後をつけると、奇妙な結界で守られた病院の廃墟にたどり着いた。院内にいたねずみ男は、百鬼夜行の鬼が事件の黒幕だと一同に教える。