リベレーションコクーンの真の目的は、始まりの魔神を呼ぶための装置だと、イアンに知らされた翔悟たち。リベレーションコクーンは始まりの魔神に接触するために開発するためのものだった。そして、もう少しでコクーンが完成し、智恵の研究も終わることも教えられる。翔悟たちはロス研究所から日本に戻ってくる。家族や仲間たちとの日常に戻った翔悟は、研究を終えた母親が帰って来られるようにするためにも、日常を守らなければならないと、改めて思った。そんな時、評議会から新たなるエクェス、ダークユニコーンが現れた。