はるか未来。更なる進歩を遂げた人類の科学力は、様々な生物の遺伝子を融合させ、新生命体「マトリクサー」を作り出した。人類への奉仕を目的に、特殊迫ヘを与えられた「マトリクサー」。だがある時、人類と「マトリクサー」との間に、戦争が勃発。人類は、自らが作り出した力の前に成す術もなく、その結果、地上から姿を消した・・・。それから、300年。「マトリクサー」が支配する、荒廃した世界で、一人の人間の少女が、コールド・スリープから目覚めた。彼女は、父親が残した「センターに向かえ」というメッセージに従い、旅に出る事を決意する。人類再生のカギを握ると言われる伝説の地「センター」。西にある、その地を目指し、少女ヤクモ（演：皆口裕子）の苦難の旅が始まった・・・。

文明が滅び、砂漠化した荒野で、ヤクモを乗せたホバーメカ・ハクバー（演：柏倉つとむ）と、マトリクサーの少年・マシュラ（演：高山みなみ）が操るホバーメカが、昆虫型マトリクサー・カマキリ人カトラス（演：堀　秀行）の一味に追われていた。ヤクモには多額の賞金が掛けられており、カトラスはそれを狙っていたのだ。マトリクサーが支配するこの世界で、人間は伝説の存在であり、悪魔と恐れる者も少なくない。だが、マシュラはヤクモを恐れることなく、むしろ興味を持って、一緒に「センター」を目指すことにしたのだ。必死に追っ手を振り切ろうとするヤクモ達。だが、多勢に無勢、マシュラはガケから落ち、ハクバーは破損。ヤクモはついに追い詰められてしまう。絶体絶命のその時、突如、真紅の甲冑を身にまとった、仮面の戦士が出現。その圧倒的な強さの前に、カトラスは敗走した。

追っ手を退け、ある町にやってきたヤクモ達は、そこでマシュラとは旧知の仲である、マトリクサー・サーゴ（演：川津泰彦）と出会う。ヤクモはハクバーの為に、燃料の石油を手に入れようとするが、サーゴによれば、石油は町の中心部の、巨大タンカーを根城にしている、フライ人が独占しているという。ヤクモは、マシュラと共にタンカーに向かい、石油を分けてくれるよう話すが、全く相手にされない。そんな中、ヤクモたちを追うように、一人のマトリクサーがタンカーに忍び込んだ。それは、仮面の戦士に敗れ去ったカトラスであった。

【キャスト】マシュラ（高山みなみ）．ヤクモ（皆口裕子）．クータル（龍田直樹）．サーゴ（川津泰彦）．ハクバー（柏倉つとむ）．カトラス（堀　秀行）．カマキリ人（服巻浩司．村上　陽）．ボス（新田三士郎）．子供（前田　愛）．商人（西脇　保）．フライ人（稲田　徹）．ナレーション（銀河万丈）．