世界征服を企むドクターヘルは、あしゅら男爵に機械獣を操るバードスの杖と海底要塞サルードを与え、邪魔者の天才科学者・兜博士の抹殺を命じた。あしゅら男爵はお手伝いのルミから、博士が別荘に滞在していることを聞き出す。博士の孫・甲児が駆けつけた時は既に遅く、別荘はあしゅら男爵によって爆破されていた。瀕死の重傷を負った兜博士は、ドクターヘルに立ち向かうために建造した秘密兵器・マジンガーＺを甲児に託す。