海底機械獣・グロッサムＸ２が、航行する船舶を巨大なハサミで次々と沈め始めた。被害に遭った乗客の中には、光子力研究所の招待で日本に向かっていた科学者・ゴードン博士とその妻子もいた。助けられたゴードン博士は、死んでいった人々の霊をなぐさめるため、マジンガーＺが海中でも自由に動けるように強化しようと娘のリサと共に改造を始める。光子力ロケットの噴射装置を、両脚に取り付けようというのだ。