地獄城から放たれた無数のミサイルが、光子力研究所に降りそそいだ。マジンガーＺが被害を最小限に食い止めるために出動した隙をつき、機械獣・デスクロスＶ９が研究所を攻撃する。ドクターヘルの計画した、ミサイル攻撃と機械獣を同時に用いる両面作戦だ。しかし、あしゅら男爵とブロッケン伯爵の仲違いによって作戦はまたしても崩壊。マジンガーＺは連射ミサイルを装備したアフロダイＡと共に、デスクロスＶ９と対決する！