光子力研究所の電源を断つため、機械獣ナイターンＯ３が原子力発電所を襲った。出動したマジンガーＺに思わぬトラブルが持ち上がる。空を飛べないことを甲児にバカにされたボスが、自分のロボットにも飛行能力を与えようとスクランダーの誘導装置を盗み出してしまったのだ。ブロッケン伯爵はこの機に乗じてナイターンＯ３を改造。地面に釘付けになったマジンガーは、空中を素早く移動する機械獣に少しずつ追いつめられてゆく。