光子力研究所の研究員たちは、新パイルダーの全面改造とマジンガーＺのパワーアップ計画に夜を徹して取り組んでいた。ゴーゴン大公はこれを阻止せんと、機械獣・ユニコーンΣ２に光子力研究所を襲わせる。甲児はマジンガーＺを出動させるが、ジェットスクランダーは改造中のために使うことができない！