飛行要塞グールの大爆発と共にドクターヘルの野望は潰え、地下帝国も滅び去った。だが、ゴーゴン大公が生き延びて戦場を逃れていた。彼はミケーネ帝国の本拠地に戻ると、暗黒大将軍に地上を征服するよう進言する。ついに動き出した暗黒大将軍の前に、マジンガーＺは奮戦むなしく敗れ去ってしまう！