平和だった地球が再び悪行超人たちの手によって脅かされている。行方をくらませてしまった「キン肉マン」 無しで はラーメンマン、ロビンマスク、バッファローマンを中心 とした伝説超人も歯が立たない。そこで、マッスルガム 宮殿での会議上、新世代正義超人を育てることとなり伝説 の ヒーロー「キン肉マン」の息子「キン肉万太郎」に白羽の矢が立てられた。

執事によってその使命が言い渡され、弱気な万太郎は逃げ惑うが、偶然にも宇宙船のコックピットに座ってしまい、 はからずしも地球に向かってしまった。地球に着陸すると、目の前に奇妙な小屋が・・・。万太郎が中をのぞくと、はたまた奇妙なマシーンがある。触れてみるとシステムが作動し始め、ふたが開くとその中から人影が現れた。

恐怖のあまりオシッコをもらす万太郎の前に現れたのは、 かつて「キン肉マン」に仕えていたアレキサンドリア・ ミートであった。ミートは地球が再び暗黒の世になっ た時自分の頭脳を未来の正義超人に役立ててもらうためにと、キン肉星には帰らず、超人保存装置に入り地球に留まっていたのだ。

キン肉マンの息子との出会いに感動するミートをよそに、 大慌てでキン肉星に帰りたがる万太郎。そこへ新世代悪行超人のクロスキラーが現れた。怖くて逃げ惑う万太郎、 ミ ートもあきらめかけたその時。母親の作った「カルビ丼」 を滅茶苦茶にされ怒りが込み上げた万太郎の額に 「肉」 の文字が浮かび上がり、キン肉族の必殺技のひとつキン肉バスターが炸裂！万太郎の勝利だ！！ここに「キン肉マン2世」の誕生である。