ブロッサムは、自分がなぜスーパーヒロインに変身できるようになったかを調べるために研究所へ行くというユートニウム博士たちの言葉を信じて、行動を共にすることにしました。その途中でピーチがケミカルZによって変身した青い服の女の子、豪徳寺みやこことローリング・バブルスを発見、彼女も調べようとみんなで追いかけることにします。 一方、仕返ししようとブロッサムを探していたモジョもバブルスと出会い、戦おうとしますが、そのマイペースさに振り回されてうまくいきません。そこにブロッサムが追いついて、モジョと戦いを始めました。とまどっていたバブルスも、モジョが悪者とわかったので一緒に戦うことにします。彼女の力によってモジョを捕まえることができたのでした。

研究室で身体検査を受けたブロッサムとバブルスは、二人の体にケミカルZの力が宿っていることを知らされます。さらにピーチを調べた博士は、ケミカル素粒子光線を使用して二人を元の姿に戻すことに成功しました。二人の腰に巻かれていたベルトに付いているコンパクトは、ピーチの吠える声に反応する変身アイテムだったのです。正義のスーパーヒロイン、パワパフガールズZの誕生に喜ぶブロッサム。ところが、バブルスがロッドのパワーを試している隙に、モジョが縄を解いてしまいました。二人の攻撃をかわして、なんとか研究所の外に逃げ出したモジョでしたが、目の前にあらわれた緑の服を着た女の子に空高くふっとばされてしまいます。はたしてその子の正体は？