スポーツ万能で勉強嫌いの美墨なぎさと、成績優秀で常にクラスのトップの雪城ほのかはベローネ学院中学女子部の2年生。同じクラスにはいるものの、なぎさはラクロスの練習、ほのかは科学の実験といった具合で接点はほとんどないまま、学校生活を送っていた。

ラクロスの練習を終え、家に帰り着いたなぎさは空から無数の星が落ちてくるの見ていた。流れ星に願い事をすると その願いが叶う、そんな話を友達としていたことを思い出し、願い事をするなぎさ…そこに突然、光る物体が飛び込んできた。そしてケータイのような、ポーチのようなもの に姿を変え、中から見たこともないような生き物が現われた。その不思議な生き物はなぎさに声をかける「お前誰メ ポ？…僕を希望の姫君ミップルのところにつれてくメポ！」

なぎさはその不思議な生き物の泣き落としに負け、外に連れ出した。しかし、遊園地で謎の男に行く手を阻まれる。 不思議な生き物をよこせと迫る男から逃げようとするなぎさ。「美墨さん！」「メップル！」そこにほのかが同じ様な生き物・ミップルを連れてやってきた。男は一石二鳥と笑みを浮かべる、どうやらその2体を狙っているらしい。 追いつめらるなぎさとほのか、そのときメップルが叫ぶ 「二人とも、変身するメポ！」

「デュアル・オーロラ・ウェイブ！」プリキュアカードをスラッシュした二人はオーロラのような光に包まれ変身！ なぎさはキュアブラックに、ほのかはキュアホワイトとなって謎の男に戦いを挑む！男が不思議な力で造り出したローラーコースターの怪物を二人の必殺技「プリキュア・マーブル・スクリュー」で撃退に成功！ 何がなんだかわからないなぎさとほのかをよそに再会を喜ぶメップルとミップル。そしてミップルから二人はこれからプリキュアとして戦っていくことを告げられる。「ありえな～い！」なぎさの雄叫びが遊園地の空に木霊した。