山に夏合宿にやってきたなぎさ達ラクロス部。臨時コーチのあかねさんのスパルタぶりにうんざりしつつも、山の空気の中で充実した時間を過ごす。時を同じくして、ほのか達科学部も合宿にやってくる。同行した教頭のお小言は余計だけど、意気の合う仲間達と過ごす合宿生活になぎさもほのかも上機嫌。山は生徒達の明るい笑い声で活気づく。夕食後満天の星空を眺めながら、なぎさ達はあかねさんから山の神様の話を聞く。ご利益があると踏んだなぎさは星空に「明日六時に起きられますように！」と祈って皆の失笑を買う…。そんな時、何と志穂が姿を消してしまった！原因不明の停電まで起こり合宿所は浮き足立つ。

ラクロス部員全員の必死の捜索にも係わらず、志穂はいっこうに姿を現さない。部員達の間からは、山の神様のたたりで“神隠し”にあったのではないかという話まで持ち上がる。一方停電の原因を探索していたほのかは、ブレーカーが落ちているのを発見。合宿所の明かりが戻ったのを確認し、山中の捜索を切り上げたなぎさ達は志穂を発見！何と志穂はずっとお風呂に入っていたらしい。とにかく一件落着と思いきや、翌朝も原因不明の停電が。「やっぱり祟りかも…」と訝しがるなぎさ達の前で、昨日まで青々と茂っていた木々が紅葉に変わり、川の水が枯れてしまうという異変が起こる！

地面が割れ、ダムの水までが消えてしまい異変は止む気配が無い。一時合宿所に集合し、ふもとに異変を知らせようとするが何故か電話も繋がらない…。いよいよ本格的に祟りだと騒ぎ出す生徒達だが、ほのかは厳しい面持ちでなぎさを呼び出す。そして祟りに脅えているなぎさに、ほのかはきっぱりと告げる。「これは祟りなんかじゃないわ」異変の元凶はドツクゾーンだと気付いた二人は、すっかり様子を変えた木々の中へ。そこで稲妻と共に現れたのはやはりイルクーボだった。山の力を吸収したイルクーボは異様なオーラをまとい、不敵に笑っている。「さぁ変身するんだプリキュア！！」

今まで以上に圧倒的な存在感を見せるイルクーボ。その不敵な、自信に溢れた笑みにミップルとメップルは何かを感じ取る。動揺する二人にイルクーボは、番人の居場所をつかんだという衝撃的な事実を告げる。プリキュアが変身した時に溢れる力と番人の持つ石の力が引き合う事を利用し、逆探知されてしまったのだ。ムキになったなぎさ達は「絶対に石は渡さない」と攻撃するが、まったく歯が立たない。更に苦し紛れにマーブルスクリューを放つが…「この時を待っていたのだ！！」エネルギーを受け止めたイルクーボはその力を解放し、時空の狭間から番人・ウィズダムを引きずり出す。とうとうイルクーボがプリズムストーンを手に入れてしまったのだ！！