ジャアクキングが飛ばした3つの種、そして新たに現れた敵。特に闇の力を持つ3人の敵の登場に、なぎさはプリズムストーンを巡る戦いが始まるのではないかと難しい顔をするばかり。夏休みももう終わりだと言うのに、宿題にも手をつけず、ほのか、ポルン、番人、メップル、ミップルらと今後の方策を相談していた。宿題の方は徹夜で一気にやるつもりのようだが、はたして…！？　一方、話題の連中…ベルゼイ、ジュナ、レギールの3人の闇戦士たちは、ジャアクキング再生のためにプリズムストーン奪取を企んでいた。

今日から2学期。なぎさは徹夜で宿題に挑んだものの、結局玉砕した上、徹夜の疲労でフラフラだった。しかも好奇心旺盛なポルンがこっそりとついて来てしまったため、トラブルに次ぐトラブルに見舞われてしまう。挙句の果てにポルンのイタズラのせいで草むしりまでさせられることになり疲労困憊。そんな時に限って3人の闇戦士たちが学校にやって来てしまう。ポルンは行方不明のまま、強大な戦闘力で簡単に攻撃をかわされてしまうし、プリキュアに変身したなぎさとほのかは早くもピンチに…！？

成長しているはずの自分たちのパワー。しかし闇戦士たちは、それを表情ひとつ変えることなく簡単似あしらう。しかも最大の技であるはずの「プリキュア・マーブル・スクリュー」まで無力化され、彼女たちは成す術を失ってしまった。闇戦士に囚われてしまった番人は、そのピンチに自力での脱出を決意。だが瞬間移動を繰り返して校舎の屋上まで逃げたところで、ついに追いつかれてしまう。7つのプリズムストーンが奪われてしまうと心配した番人は、寸前に遭遇したポルンにプリズムストーンを託そうとするが…

プリキュアの2人が屋上に駆けつけるものの、すでに番人は闇戦士の手中にあった。抵抗むなしく、返り討ちにされるプリキュアたち。だがその時、2人のピンチを救いたいと強く想ったポロンが奇跡を起こした。何と、ポルンがエネルギーを発したかと思うと、それが新たなるアイテム「プリキュア・レインボー・ブレス」となってプリキュアの２人に装着されたのだ!　これまでにない瞬発力・パワー・防御力を得た2人は、新たな技「プリキュア・レインボー・ストーム」を放ち闇戦士たちを撃退する。しかし番人は連れ去られてしまうのだった。