プリキュアを追い、ついに人間世界にまでやって来たジャアクキング。「すべてを生み出す力」を得た奴は、もはや誰にも止めることはできない。それは光の園の女王も、なぎさとほのかを追ってきたキリヤも同様だった…。しかしなぎさとほのかは決して挫けることなく、今一度、ポルンの中に眠るパワーを借りてレインボーブレスを装着。プリキュア・レインボー・ストームを放つ。それは街全体が闇で覆われ、誰ひとりとして人間が存在しなくなった市街地で展開する、ジャアクキングとの最終決戦の幕開けを意味していた！

果敢に挑むプリキュアだが、力不足は否めない。ジャアクキングの圧倒的なパワーの前に翻弄されるだけだった。その様子に居ても立ってもいられなくなったポルンは、光の園と連絡を取ることで女王に助言を仰ぐ。そして自身の中に眠る真のパワーの存在を教えられると、プリキュアにとどめを刺そうとするジャアクキングの前に立ちはだかった！　そんなポルンが発した輝きは、破壊されたレインボーブレスを復元･パワーアップさせ、「すべてを生み出す力」を凌駕するパワーを発揮。ジャアクキングを圧倒し、ついに本当の平和を取り戻すことに成功する！

ジャアクキングが倒れたことで街から闇が消失し、消えていた人々が戻ってきた。その様子を伺っていたキリヤは自分の中の迷いに対する答えを見出す。「僕はやっとわかりました。僕がいる場所、僕がいたい場所…」と。そしてドツクゾーンにも光が差し、戦いは終結する。しかしそれはなぎさとほのかのプリキュアからの卒業、ミップルやメップルとの別れも意味していた。その事実を突きつけられた2人は、役目が終わって眠りに就こうとするミップルやメップルとの初めての出逢い、これまでの楽しい日々を回想しながら…泣いた。

ベローネ学院・卒業式の日。ほのかは送辞を読むことになった。しかし彼女は壇上でその原稿を置くと、自分の気持ちを自分の言葉で語り始める。そんなほのかの姿に先輩たちはもちろん、なぎさたち在校生も感動した。その帰り道、ほのかは街中でキリヤそっくりの少年を発見した。だが彼はほのかとなぎさを不思議そうに見上げていただけの、まるで別人…。気を落とすほのかではあるものの、なぎさに慰められるとキリヤとの再会を信じようとする。 「また…逢えるよね」 「逢えるよ、絶対。この空の下で…いつかきっと」